On l’ignore souvent, mais notre microbiote intestinal, ou flore intestinale, n’est pas exempt de “mauvaises” bactéries et autres pathogènes. Escherichia coli (E. coli) et autres Klebsiella pneumoniae (responsable de pneumonies et infections urinaires) peuvent être présentes dans notre tractus digestif, mais à des faibles concentrations.
À des concentrations élevées, du fait de la consommation d’aliments contaminés, ou d’une inflammation accrue, ces mêmes bactéries peuvent provoquer des maladies plus ou moins graves, voire mettre la vie en danger.
Il existerait cependant des moyens d’éviter que ces bactéries pathogènes ne colonisent de manière trop importante nos organes digestifs : en consommant davantage de fibres.
Des composés protecteurs générés par la décomposition des fibres
C’est du moins ce qui ressort d’une nouvelle étude scientifique, parue ce 10 janvier 2025 dans la revue Nature Microbiology (Source 1). Des chercheurs rapportent avoir utilisé l’intelligence artificielle (IA) pour analyser la composition du microbiote de plus de 12 000 personnes, réparties dans 45 pays, grâce à des échantillons de selles.
L’équipe a ainsi identifié 135 espèces de microbes intestinaux, principalement des bactéries, qui protègent le microbiote des infections. Parmi les espèces protectrices, se trouve le groupe de bactéries Faecalibacterium, qui produisent des acides gras à chaîne courte en décomposant les fibres présentes dans les aliments que nous consommons (fruits, légumes, céréales). Ce sont ces composés qui protégeraient contre les infections liées aux entérobactéries responsables de maladies. Ainsi, manger davantage de fibres favoriserait les bonnes bactéries qui les décomposent, au détriment des mauvaises bactéries.
Fournir la matière première pour nous protéger
“Nos résultats suggèrent que ce que nous mangeons est potentiellement très important pour contrôler la probabilité d’infection par une gamme de bactéries, y compris E. coli et Klebsiella pneumoniae, car cela modifie notre environnement intestinal pour le rendre plus hostile aux envahisseurs”, a déclaré dans un communiqué (Source 2) le Dr Alexandre Almeida, chercheur au Département de médecine vétérinaire de l’Université de Cambridge et auteur principal de l’étude. “En mangeant des fibres [présentes dans les] aliments comme les légumes, les haricots et les céréales complètes, nous pouvons fournir la matière première à nos bactéries intestinales pour produire des acides gras à chaîne courte, des composés qui peuvent nous protéger contre ces microbes pathogènes”, a-t-il ajouté.
Prendre des probiotiques ne donnerait pas les mêmes résultats
L’étude révèle que la prise de probiotiques, censée apporter des bonnes bactéries prenant la place de bactéries au potentiel pathogène, ne serait pas aussi efficace que l’adoption d’un régime alimentaire riche en fibres. On pensait auparavant que la compétition pour les ressources empêcherait les bactéries responsables de maladies de coloniser le tractus intestinal. Les auteurs de l’étude estiment que ce phénomène de compétition n’est pas efficace, et qu’il vaut mieux modifier l’environnement intestinal, notamment via l’alimentation.
“Avec des taux de résistance aux antibiotiques plus élevés, les options de traitement disponibles sont moins nombreuses. La meilleure approche consiste désormais à prévenir les infections en premier lieu, et nous pouvons y parvenir en réduisant les possibilités pour ces bactéries pathogènes de se développer dans notre intestin”, a conclu le Dr Alexandre Almeida.